Historique officiel :
Les archives attestent de l’existence d’une petite église sur la Serra Bona, « La Bonne Colline », dès 1069.
En 1082, sous le parrainage de seigneurs locaux et du vicomte de Conflent, qui lui donnent des biens et des revenus, l’installation d'une communauté y est décidée, suivant la règle de Saint Augustin.
70 ans s'écoulent avant que l'église rurale ne devienne le prieuré Sainte Marie de Serrabona, en 1151. La consécration du nouvel édifice se fait en présence d'évêques et d'abbés. L'évocation de cette cérémonie est matérialisée par des croix gravées dans les murs de la nef et de l'abside.
Un désaccord surgit alors entre les fondateurs et l'évêque d' Elne, révélateur des tensions engendrées par la "réforme grégorienne", qui voudrait soustraire les fonctions religieuses de l'autorité des laïques. L'évêque entend se réserver la nomination du prieur, mais les riches fondateurs refusent. Un compromis est trouvé, seuls les chanoines éliront leur chef.
Les religieux augustins mènent une vie communautaire, comme des moines, mais assurent aussi le service paroissial. Dans la première moitié du XIIème siècle, à côté de l'église, ils construisent des lieux qui leur sont propres : cloître, salle capitulaire, réfectoire, dortoir... et dotent le prieuré d'une parure sculptée.
Très florissant jusqu’au XIIIème siècle, la grande crise économique et démographique du XIVème amorce le déclin du prieuré.
A l'affaiblissement des ressources s'ajoute le manque de discipline. La vie en communauté a laissé place à des cellules individuelles.
En 1448, un prieur est déposé pour des "crimes énormes" dont on ignore la nature.
En 1592, tous les prieurés augustins d'Espagne sont supprimés. Un an plus tard, le prieuré et ses biens sont donnés au nouveau diocèse de Solsona, en Catalogne, qui le conservera jusqu'en 1896. L'application de cette décision est affective en 1612 à la mort de Jaume Serra, dernier prieur de Serrabona.
L'église Sainte Marie reste pendant deux siècles la paroisse du petit village de Serrabona.
On signale que bergers et troupeaux se réfugient occasionnellement dans le cloître ou l'église.
En 1819 un effondrement partiel de la nef se produit. En 1822 la commune de Serrabona, pauvre et dépeuplée, est supprimée.
Remarquée par les archéologues, elle est visitée par Mérimée en 1834 : elle devient l'un des tout premiers "monuments historiques".
A partir de 1836 les premiers travaux de consolidation sont réalisés, complétés au XXème siècle par de nombreuses campagnes de restauration qui vont assurer le sauvetage définitif de l'édifice.
Offert au Département des Pyrénées-Orientales par la famille Jonquères d' Oriola en 1968, le Prieuré de Serrabona est depuis cette date, même si difficile d’accès, ouvert au public.